En 2006, Capcom lanzó al mercado Mega Man X Collection, recopilación que incluía los seis juegos de este spin-off, arte desbloqueable, música relacionada al juego y Mega Man Battle & Chase, título de carreras basado en el original Mega Man que nunca fue lanzado en América. Lamentablemente, esta antología fue objeto de crítica debido a que la versión de Mega Man X3 que utilizaron fue la versión porteada de PlayStation 1 en vez de la original publicada en SNES.
Tras el anuncio de Mega Man Legacy Collection, muchos fans mostraron su preocupación pues temían que nuevamente Capcom utilizará el port antes mencionado. Afortunadamente, la compañía nipona ha calmado a todos indicando que utilizarán la versión de SNES, la cual fue lanzada en Japón en 1995 y en América un año después. Posteriormente, hubo ports para SEGA Saturn, Windows y PlayStation.
La intranquilidad de los fanáticos se debía a que la versión de PS1 nunca fue recibida con buenos ojos debido a sus problemas de optimización y problemas en la calidad de audio y vídeo, aunque algunos preferían su versión del soundtrack y su intro animado (ambos aprovechando el formato de CD).
Capcom también ha confirmado que ellos mismos se están encargando del desarrollo de esta collección en vez de Digital Eclipse, quienes se habían encargado del primer Legacy Collection lanzado en 2015 y actualmente son los que trabajan en Street Fighter Anniversary Collection.
